El proyecto contempla dos etapas: una de diagnóstico y otra de implementación del SAT. Un equipo multidisciplinario trabaja en el diagnóstico entomológico de los posibles vectores transmisores de malaria, dengue, leishmaniasis, enfermedad de chagas, fiebre amarilla y otros virus emergentes. Tamizaje epidemiológico de personas que se encuentren con enfermedades activas o síntomas de estas enfermedades. Monitoreo de fauna que permitirá direccionar un muestreo de reservorios o posibles reservorios de estas enfermedades. Estudio social: para determinar las creencias, actitudes y prácticas culturales y transculturales acerca de estas enfermedades y levantamientos cartográficos utilizando sistemas de información geográfica y datos climáticos que van a permitir entender la dinámica de las enfermedades a lo largo del tiempo.

Con este proyecto se busca determinar cuáles son las épocas del año más riesgosas, la distribución geográfica de mayor riesgos para cada una de las enfermedades y los marcadores ecológicos que permitan reconocer dichas áreas, las épocas el año y horas del día o de la noche de mayor trasmisión de estos gérmenes a las personas, los grupos de población en mayor riesgos de infectarse con estos gérmenes, los lugares respecto a las viviendas donde se da el contacto del hombre con los vectores infectados y marcadores de alerta que permitan a las autoridades locales de salud realizar las actividades de contención, control o prevención.

La implementación de este Sistema de Alerta Temprana a través de la participación comunitaria espera que la comunidad se apropie de esta herramienta y la use como mecanismo de prevención y control de estas enfermedades complementado asi las actividades de las autoridades de salud, y además que les brinde elementos de juicio para determinar cuándo y cómo actuar en el momento en que se presente un brote de alguna de las enfermedades tropicales.